Historia NIK to historia instytucji, która od samych początków związana była z ideą niepodległej Polski i bez której trudno wyobrazić sobie sprawne funkcjonowanie nowoczesnego państwa. Mijają właśnie 93 lata od podpisania przez Józefa Piłsudskiego dekretu o utworzeniu pierwszego w wolnej Polsce niezależnego organu kontroli.
NIK mimo nadrzędnej pozycji w dziedzinie kontroli chętnie poddaje się inspekcji innych państwowych instytucji. Izba współpracuje np. z GIODO, by skutecznie chronić dane osobowe, oraz z ABW w celu zapewnienia bezpieczeństwa informacjom poufnym. Transparentność NIK wzmacniają dodatkowo tzw. przeglądy partnerskie, których dokonują kontrolerzy z innych krajów.
Wyjazdy najważniejszych osób w państwie, korzystających z lotnictwa transportowego Sił Zbrojnych RP, były w latach 2005 – 2010 organizowane w sposób, który nie gwarantował należytego poziomu bezpieczeństwa.