W ocenie NIK podczas uboju i transportu zwierząt gospodarskich nie zawsze przestrzegano przepisów o ochronie zwierząt. Inspekcja Weterynaryjna oraz Inspekcja Transportu Drogowego ujawniły nieprawidłowości w co piątej ubojni oraz w co setnym pojeździe przewożącym zwierzęta. Nadzór nad transportem specjalistycznym zwierząt gospodarskich oraz ich ubojem w rzeźniach sprawowano właściwie. Ograniczony był natomiast nadzór nad przestrzeganiem prawa o ochronie zwierząt w gospodarstwach - ubój gospodarczy pozostawał tam praktycznie poza kontrolą, a nadzór nad transportem zwierząt przez rolników był marginalny. Wciąż także nie uregulowano kwestii przyznawania certyfikatów kwalifikacji dla uśmiercających zwierzęta ani przepisów dotyczących uboju bez ogłuszania (tzw. uboju rytualnego).