NIK znajduje się pod stałą kontrolą parlamentu, w którym funkcjonuje specjalna sejmowa Komisja do Spraw Kontroli Państwowej (KOP). Izbę w zakresie gospodarności sprawdza dodatkowo zewnętrzny audytor. Z kolei poszczególne komórki kontroli wewnętrznej wspierane są przez inne instytucje państwowe: np. GIODO i ABW. NIK zwraca się także cyklicznie z prośbą do europejskich najwyższych organów kontroli o dokonanie w Izbie tzw. przeglądu partnerskiego (peer review). - W moim przekonaniu powinniśmy wręcz zabiegać o takie formy kontroli, bo wnoszą one do instytucji powiew świeżego powietrza - uważa Paweł Banaś, Radca Prezesa NIK.
Bieżący przegląd partnerski koncentruje się na procedurze kontrolnej stosowanej przez NIK. Sprawdzone zostaną m.in.: priorytety kontroli, jej planowanie, czynności kontrolne, raportowanie oraz działania podejmowane po zakończeniu każdej inspekcji. Poszczególnym elementom procedury przyjrzą się doświadczeni audytorzy z Austrii, Danii, Holandii i Litwy. Wyniki przeglądu będą znane pod koniec 2012 roku.