Funkcję organu opiniodawczo-doradczego w sprawach programowania, nadzorowania i koordynowania działalności służb specjalnych sprawuje Kolegium do Spraw Służb Specjalnych. NIK stwierdziła, że podejmowane przez Przewodniczącego Kolegium (Premiera) w trakcie posiedzeń decyzje, w formie poleceń kierowanych do szefów służb specjalnych, organów administracji i członków Kolegium, odnoszące się do obszarów działania tych podmiotów, w znacznym stopniu nie były następnie weryfikowane, bo nie pozwalały na to obowiązujące przepisy. Zdaniem Izby brak systemowego rozwiązania służącego monitorowaniu stopnia realizacji ocen i opinii Kolegium jak również decyzji Przewodniczącego Kolegium, pozbawia te organy możliwości bieżącej analizy wykorzystania zajętych przez Kolegium stanowisk oraz ich przydatności do realizacji zadań przez służby specjalne.
Najwyższa Izba Kontroli zauważa podjęte przez Prezesa Rady Ministrów działania legislacyjne mające na celu reformę służb specjalnych z uwzględnieniem konieczności utworzenia niezależnego organu nadzoru nad służbami specjalnymi i tym samym rozwiązania problemów stwierdzonych podczas kontroli. Wykorzystując ustalenia kontroli Prezes NIK Krzysztof Kwiatkowski zgłosił uwagi do projektu ustawy o Komisji Kontroli Służb Specjalnych. Prezes Izby wyraził nadzieję, że wnioski NIK pomogą w uregulowaniu tak ważnego obszaru funkcjonowania państwa w sposób umożliwiający kontrolowanie i skuteczne nadzorowanie służb specjalnych przez niezależny od nich, zewnętrzny organ.
Szczegółowe wyniki kontroli objęte są klauzulą tajności.