Małgorzata Motylow w Najwyższej Izbie Kontroli pracuje od siedemnastu lat. Zaczynała pracę od stanowiska inspektora kontroli państwowej, przechodząc kolejne szczeble pracy kontrolerskiej.
Małgorzata Motylow jest absolwentem studiów prawniczych na Wydziale Prawa i Administracji Uniwersytetu Gdańskiego.
Przed zatrudnieniem w Najwyższej Izbie Kontroli była pracownikiem Urzędu Kontroli Skarbowej, a później Izby Skarbowej w Gdańsku. W 2001 roku rozpoczęła pracę w Delegaturze Najwyższej Izby Kontroli w Gdańsku. Ukończyła aplikację kontrolerską z wynikiem bardzo dobrym. Awansowała na kolejne stanowiska: specjalisty kontroli państwowej, głównego specjalisty, doradcy ekonomicznego, a następnie Radcy Prezesa Najwyższej Izby Kontroli.
W ramach swoich obowiązków zawodowych Małgorzata Motylow prowadziła, nadzorowała i koordynowała postępowania kontrolne, opiniowała programy kontroli, opracowywała tematykę kontroli. Wykonywała także funkcje rzecznika prasowego Delegatury NIK w Gdańsku oraz koordynatora do spraw szkoleń w Delegaturze.
Wykształcenie prawnicze Małgorzata Motylow uzupełniała na licznych studiach podyplomowych z zakresu zamówień publicznych na Uniwersytecie Gdańskim, studiach podyplomowych w zakresie audytu wewnętrznego i kontroli zarządczej na Politechnice Gdańskiej.
Specjalizacja Małgorzaty Motylow to szeroko rozumiane zagadnienia z zakresu prawa podatkowego, finansów publicznych, a także kwestie związane ze zobowiązaniami podatkowymi podmiotów prawnych, opodatkowaniem dochodów osób fizycznych oraz problematyką nieujawnionych źródeł dochodów.
Współpracowała także z Katedrą Przedsiębiorczości i Prawa Gospodarczego na Wydziale Zarządzania i Ekonomii Politechniki Gdańskiej.