W skontrolowanych gminach nie aktualizowano Gminnych Planów Zarządzania Kryzysowego i nie przeprowadzano obligatoryjnych szkoleń, ćwiczeń i treningów w zakresie zagrożenia powodzią i ewakuacji ludności, co było wymagane m.in. ustawą o zarządzaniu kryzysowym. Gminy monitorowały sytuację meteorologiczną i hydrologiczną bezpośrednio przed i w trakcie powodzi, ale nie zawsze reagowały na kryzys w pełni prawidłowo, rzetelnie i zgodnie z procedurami.
W Kłodzku burmistrz nie ogłosił stanu pogotowia, a następnie alarmu przeciwpowodziowego. Nie przekazał mieszkańcom informacji o ogłoszeniu tych stanów przez starostę, nie zastosował procedury alarmowania i ostrzegania ludności z wykorzystaniem systemu syren alarmowych. Nie podjął działań zapewniających współdziałanie podległych mu służb z jednostką Ochotniczej Straży Pożarnej i nie powołał jej przedstawiciela w skład Miejskiego Zespołu Zarządzania Kryzysowego.
W Lądku-Zdroju, za wyjątkiem komunikatu o uruchomieniu całodobowego dyżuru telefonicznego na stronie internetowej, nie publikowano ostrzeżeń meteorologicznych. Nie monitorowano sytuacji powodziowej w oparciu o informacje od operatorów zbiornika w Stroniu Śląskim, które miały kluczowe znaczenie dla rzeczywistej oceny sytuacji powodziowej oraz zapewnienia skutecznej i szybkiej reakcji na pojawiające się zagrożenia. Pomimo decyzji o ewakuacji mieszkańców, jej wykonanie było nierzetelne. Opublikowany komunikat nie określał bowiem najistotniejszych dla ludności informacji, tj. miejsc zagrożonych i wymagających ewakuacji czy bezpiecznych miejsc zastępczego zakwaterowania. Zdaniem NIK, miało to istotne znaczenie dla bezpieczeństwa mieszkańców, w szczególności w przypadku utraty łączności i zasilania.
Również w Nysie ewakuacja miasta była spóźniona i realizowana po zalaniu części miasta. Komunikaty publikowane na stronie internetowej gminy nie zawierały kluczowej informacji o przerwaniu wałów na rzece, a w konsekwencji o zalewaniu miasta. Burmistrz Nysy nie miał wiedzy o stanie technicznym budowli i urządzeń hydrotechnicznych na terenie gminy, ponieważ przed powodzią nie brał udziału w przeglądach okresowych tych urządzeń.
W Stroniu Śląskim Burmistrz, wbrew przyjętym procedurom, nie zapewnił włączenia syren alarmowych w związku z alarmem przeciwpowodziowym i zarządzeniem dobrowolnej ewakuacji mieszkańców. Jednak w trakcie powodzi reagował na występujące zagrożenia i dynamiczną sytuację, koordynował działania służb i pozostawał w stałym kontakcie ze Starostą i Wojewodą Dolnośląskim, których informował m.in. o sytuacji powodziowej, trwającej ewakuacji mieszkańców oraz przelaniu i rozmyciu zapory na rzece Morawka.
W gminie Głuchołazy prawidłowo identyfikowano i reagowano na możliwość wystąpienia powodzi w ramach posiadanych sił i środków. W zakresie opracowania i przygotowania niezbędnych dokumentów oraz dostosowania struktury organizacyjnej Urzędu, gmina nie była jednak w pełni przygotowana do zarządzania sytuacją kryzysową. Od 13 września działaniami ratowniczymi, a potem działaniami prowadzonymi w celu zapobieżenia lub usunięcia skutków powodzi, kierował Państwowy Oficer Straży Pożarnej. Sprowadzono znaczne siły służb mundurowych wyposażonych w specjalistyczny sprzęt, którym gmina nie dysponowała, m.in. helikopter. Gmina kierowała do mieszkańców apele dotyczące ewakuacji, zapewniała środki transportu oraz miejsca relokacji.
W każdej z kontrolowanych gmin po ustaniu bezpośredniego zagrożenia przystępowano do usuwania skutków powodzi, szacowania strat i udzielania mieszkańcom wsparcia finansowanego i materialnego. Wszystkie jednostki przekazywały otrzymane środki finansowe na pomoc poszkodowanym, bez zbędnej zwłoki, do dalszego dystrybuowania.