Katarzyna Budnikowska jest z wykształcenia radcą prawnym oraz kontrolerem kontroli państwowej. Ukończyła też studia podyplomowe Prawo Unii Europejskiej na Uniwersytecie Warszawskim oraz podyplomowe studia Audytu, Kontroli Zarządczej i Rachunkowości w Szkole Głównej Handlowej w Warszawie. Od ponad 13 lat zawodowo związana zarówno z sektorem prywatnym jak i z funkcjonowaniem instytucji publicznych oraz zagadnieniami nadzoru i kontroli.
Doświadczenie zdobywała m.in. w Małopolskiej Agencji Rozwoju Regionalnego, gdzie oprócz obsługi prawnej zajmowała się oceną projektów o dofinansowanie oraz koordynacją sekcji ds. kontraktowania, a także ich kontrolą i rozliczaniem, pracując w Polskiej Agencji Rozwoju Przedsiębiorczości. Była również zatrudniona w działach prawnych Ministerstwa Rodziny i Polityki Społecznej oraz Mazowieckiego Oddziału Wojewódzkiego NFZ, gdzie wydawała opinie prawne i obsługiwała postępowania sądowe, a także w spółkach prawa handlowego.
Od 2022 r. pracuje w Najwyższej Izbie Kontroli – od 2024 r. jako doradca prawny i wicedyrektor Departamentu Gospodarki, Skarbu Państwa i Prywatyzacji.