Małgorzata Szczepańska od ponad 25 lat związana jest z administracją publiczną. Od 2005 r. pełni funkcję urzędniczki służby cywilnej. Przez cały ten czas angażowała się w tworzenie i wdrażanie polityk publicznych dotyczących rozwoju gospodarczego, innowacyjności i funduszy europejskich.
Zanim objęła stanowisko Dyrektora Generalnego Najwyższej Izby Kontroli, kierowała Biurem Prezesa w Polskiej Agencji Nadzoru Audytowego, gdzie odpowiadała m.in. za organizację pracy Agencji, politykę kadrową, postępowania zakupowe i informatyczne, a także nadzór nad procesami administracyjnymi.
W latach 2017–2024 pełniła funkcję Dyrektora Departamentu Programów Wsparcia Innowacji i Rozwoju w Ministerstwie Funduszy i Polityki Regionalnej. Zarządzała tam programami finansowanymi ze środków unijnych o łącznej wartości ponad 16 miliardów euro, w tym Programem Inteligentny Rozwój oraz Programem Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki.
Dała się poznać jako skuteczna i merytoryczna menedżerka, potrafiąca zarządzać dużymi zespołami eksperckimi i wdrażać złożone reformy w administracji. Współtworzyła dokumenty programowe oraz uczestniczyła w strategicznych negocjacjach z Komisją Europejską w sprawie dużych inwestycji i programów pomocowych. Wielokrotnie reprezentowała stronę rządową w dialogu z przedsiębiorcami, środowiskiem naukowym i instytucjami finansowymi.
Z sukcesem łączyła zadania organizacyjne i legislacyjne z odpowiedzialnością za wdrażanie środków unijnych, których wykorzystanie wymaga szczególnej transparentności i zgodności z regułami prawa krajowego i europejskiego.
Jest absolwentką Wydziału Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego. Ukończyła prestiżowy program ARGO Top Public Executive (KSAP/IESE Business School), a w 2025 r. uzyskała tytuł Executive MBA na Uniwersytecie Warszawskim. Posiada certyfikat bezpieczeństwa osobowego na poziomie „tajne”.