Szkoły[1] nie wykorzystują swoich możliwości kształcenia - limity przyjęć, określone przez dowódców sił zbrojnych, były niższe od możliwości kształcenia o około 30%, a liczba przyjętych jest jeszcze niższa, gdyż nie wszyscy kandydaci spełniali wyznaczone kryteria naboru.
W efekcie z roku na rok w armii brakuje coraz więcej podoficerów zawodowych, zwłaszcza w stopniu kaprala (np. w czerwcu 2008 brakowało aż 1 820 kaprali, tj 28,8%). Istnieje zatem duże prawdopodobieństwo, że na koniec 2009r. Siły Zbrojne nie osiągną, określonej przez Radę Ministrów, liczby 49 tys. podoficerów zawodowych, tym bardziej, że w styczniu 2009 r. było ich zaledwie 41 860. Proces uzawodowienia armii jest zagrożony.
Wobec drastycznych braków kadrowych od 2007 r. podjęto ułomne próby rozwiązania problemu. Zorganizowano krótkie (niekiedy czterodniowe !) kursy podoficerskie dla szeregowych zawodowych oraz umożliwiono im zdawanie egzaminów eksternistycznych bez szkolenia.
Stan zatrudnienia kadry dydaktycznej w szkołach nadal jest niewystarczający; brakuje zwłaszcza podoficerów-instruktorów. Ich brak zainteresowania służbą w szkołach to skutek głównie niskich stopni etatowych instruktorów i związanego z tym uposażenia (niższe niż odpowiednie stanowiska w jednostkach).
Ograniczone możliwości finansowe były też przyczyną złego wyposażenia pięciu szkół w odpowiedni sprzęt dydaktyczny. I tak np. we Wrocławiu za mało było pistoletów treningowych, granatów. Nowoczesnego sprzętu używanego w armii kandydaci nie mogli nawet obejrzeć. Brakowało trenażera do nauki celowania i trenażera do nauki strzelania. W Zegrzu brakowało radiostacji przenośnych, ale były całkowicie nieprzydatne: łódź rozpoznawcza, wykrywacz min głębinowych, itp; w Dęblinie przeważał sprzęt z lat 60 i 70-tych, dawno wycofany z użycia, brakowało natomiast tak podstawowych jak projektory, plansze, nowoczesne programy komputerowe taktycznego systemu nawigacji lotniczej, systemu lądowania wg wskazań przyrządów, systemu podejścia do lądowania kontrolowanego z ziemi, pracowni do prowadzenia szkoleń na współcześnie użytkowanych przez armię samolotach. Skutek tych braków, to dodatkowe szkolenia (i koszty) wszystkich absolwentów w jednostkach i krytyczne opinie dowódców o poziomie kształcenia w szkołach w Dęblinie, Zegrzu i Łodzi.
System nauczania języka angielskiego był niejednolity i nie zapewniał jego opanowania na odpowiednim poziomie. O ile w szkole w Ustce na naukę angielskiego przeznaczano 480 godzin, w szkołach Sił Powietrznych 365 godz., to w szkołach Wojsk Lądowych tylko 200 godz., a w szkole w Łodzi zaledwie 92 godz.
Elewi szkół podoficerskich zobowiązani są też do odbycia praktyk w jednostkach i dokumentowania ich przebiegu. W 4 szkołach stwierdzono niedbałe ich dokumentowanie w dziennikach - wpisy lub ich brak wskazują, że nie zrealizowano całości programu, w tym kursów instruktorko-metodycznych, szkoleń poligonowych, czy w strzelania. Zdaniem NIK sposób podziału odpowiedzialności za organizację i realizację praktyk utrudnia ich koordynację oraz skuteczny nadzór. Raport Izby został przesłany do Sejmu i MON.
[1] NIK skontrolowała wszystkie wojskowe szkoły podoficerskie (w Ustce, Koszalinie, Poznaniu, Wrocławiu, Łodzi, Dęblinie, Zegrzu, Toruniu)