Brak należytej staranności i systematyczności w wykonywaniu obowiązków służbowych przyczyniły się do zaniżenia dochodów Skarbu Państwa. NIK wydała negatywną ocenę kontrolowanej działalności. Wyniki kontroli wskazują na konieczność wzmocnienia nadzoru, zarówno Prezesa Agencji nad podległymi jednostkami, jak i Ministra Rolnictwa i Rozwoju Wsi nad Agencją. Kontrola NIK ujawniła także okoliczności noszące znamiona mechanizmów korupcjogennych, takie jak: jednoosobowe i dowolne decyzje, nierówne traktowanie dłużników, nierzetelność i braki w dokumentacji.
Ponad 8 tys. ha zostało oddane w dzierżawę z obejściem przepisów ustawy o gospodarowaniu nieruchomościami rolnymi Skarbu Państwa, bo zarządzenia kolejnych prezesów Agencji dawały możliwość przekazywania bez przetargów nieruchomości na rzecz osób trzecich (cesja). Przy sprzedaży stwierdzono m.in.: nieprawidłowe przygotowanie transakcji, wadliwą publikację wykazów nieruchomości przeznaczonych do sprzedaży oraz ogłoszeń o przetargach, ignorowanie procedur prawnych, a także nadmierną koncentrację decyzji w rękach jednej osoby. Nie dokonywano też oceny wiarygodności nabywców oraz opieszale egzekwowano zabezpieczenia umowne.
Nieprawidłowości wystąpiły również w transakcjach dzierżaw. Kontrola ujawniła dowolność w wyborze dzierżawców oraz „preferencyjne” traktowanie niektórych z nich. Wybierano np. oferty, które nie spełniały wszystkich wymogów określonych w przepisach wewnętrznych Agencji.
W okresie objętym kontrolą nastąpił wzrost zaległych należności Skarbu Państwa. Wieloletnie działania windykacyjne nie doprowadziły do ich odzyskania. Przyczyną tego stanu było niewystarczające zabezpieczenie interesu Skarbu Państwa w umowach zawartych z kontrahentami w latach 1992-2001 (jako jedyną formę zabezpieczenia stosowano weksel in blanco, a wartość zabezpieczenia była nieadekwatna do wartości transakcji). W połowie 2012 r. należności zaległe wynosiły blisko 180 mln zł i były wyższe od kwoty wpływów uzyskanych z tytułu gospodarowania nieruchomościami (165,3 mln zł). Kontrolerzy ujawnili zaniechania w podejmowaniu działań windykacyjnych.
