Najwyższa Izba Kontroli negatywnie ocenia działalność administracji morskiej podczas pięciu pierwszych lat wdrażania "Programu ochrony brzegów morskich" (2004-2008). Bez zmian w ustawie, dotyczących sposobu finansowania Programu, oraz bez aktywniejszego pozyskiwania środków unijnych, realizacja przedsięwzięć związanych z ochroną brzegów morskich może się nie powieść.
Zgodnie z założeniami Program ma przeciwdziałać zagrożeniom związanym z coraz silniejszą erozją polskiego brzegu morskiego: zanikaniu plaż i cofaniu się linii brzegowej. Podstawowym celem Programu było zabezpieczenie przebiegu linii brzegowej według stanu z 2000 roku. Niestety administracja morska nie znała i nie zna przebiegu linii brzegowej z 2000 roku (wiedza fragmentaryczna). Tym samym stwierdzenie, czy zapewniono stabilizację linii brzegowej, czy jej nie zapewniono, jest niemożliwe. NIK skierowała w tej sprawie wniosek do Ministra Infrastruktury, podkreślając konieczność pilnego skorygowania tego oczywistego niedopatrzenia w Programie.
W ustawie zapisano, że na realizację całego Programu (2004-2023) trzeba wydać 911 mln zł (w cenach z 2001 r.), jednak z budżetu państwa zagwarantowano jedynie część środków (nie mniej niż 511 mln zł, czyli 56 %). Pozostała część - według założeń - miała pochodzić ze źródeł pozabudżetowych, i właśnie ich pozyskiwanie okazało się kolejnym słabym punktem Programu. W obecnej sytuacji, kiedy nawet środki unijne traktowane są jak pieniądze budżetowe, trudno wskazać inne niż budżetowe źródło finansowania ochrony polskiej linii brzegowej. Potwierdza to raport NIK: jak ustalili kontrolerzy, w pierwszych pięciu latach na realizację Programu wykorzystywano jedynie środki z państwowej kasy. Ministrowie właściwi do spraw gospodarki morskiej nawet nie podejmowali prób pozyskania środków pozabudżetowych na finansowanie Programu, natomiast działania dyrektorów urzędów morskich w tej sprawie były nieskuteczne: do końca 2008 r. nie uzyskali żadnych środków.
Dodatkowe problemy z finansowaniem poszczególnych zadań wynikały z zaniedbań samych ministrów: co roku minister finansów przeznaczał na realizację Programu taką samą kwotę - 26 mln - nie waloryzując jej, wbrew zapisom ustawy, a kolejni ministrowie właściwi ds. gospodarki morskiej przeciwko temu nie protestowali. W ten sposób w kolejnych latach środki budżetowe na realizację Programu były zaniżane: na rok 2004 przyznano administracji morskiej ponad milion złotych mniej, niż powinna była otrzymać, a w 2008 już niemal 4 miliony za mało. Beneficjenci środków, urzędy morskie, zmuszane były do dopasowywania planów wydatków do zmniejszonych kwot (w sumie o 11,5 mln). Dopiero od 2008 roku (budżet na 2009) urzędy mogą zgłaszać ministerstwu realne zapotrzebowanie.
Wydawanie pieniędzy na ochronę brzegów odbywa się coraz sprawniej, chociaż urzędy nie ustrzegły się błędów. Najwięcej zastrzeżeń kontrolerzy mieli do pracy Urzędu Morskiego w Słupsku, w którym w trzech (z pięciu) zamówieniach na monitoring strefy brzegowej - łącznie na ponad 4 mln - ominięto konieczność ogłaszania przetargu m.in. dzięki niewłaściwemu zakwalifikowaniu pomiarów jako badań naukowych.
Zgodnie z ustawą w latach 2004-2008 na realizację Programu z budżetu państwa powinna być przeznaczona kwota nie mniejsza niż 141,5 mln zł. W rzeczywistości zapisano na ten cel 130 mln (czyli o 11,5 mniej niż powinno być). Urzędy morskie nie wydały jednak całej tej sumy: głównie z powodu "niewydolności” zespołów ds. zamówień publicznych (blisko 6 mln) i opóźnień w przepływach ze skarbu państwa (4,2 mln). Wydano 119,2 mln zł (84,2%).