Jakkolwiek w przeprowadzonych naborach wybierane były projekty odpowiadające przyjętym celom dofinansowania, to zdaniem NIK nie zostały stworzone warunki istotnie preferujące projekty wykraczające poza innowacyjność na poziomie firmy. Nie został doprecyzowany również sposób dokumentowania nowatorskiego charakteru projektów, a na wybór projektów wpływały również wskazywane prognozy przyszłych wyników finansowych firm, do których osiągnięcia przedsiębiorcy nie byli później zobowiązywani w zawieranych umowach. Wprawdzie skontrolowani przez NIK przedsiębiorcy, którzy uzyskali dofinansowanie, rozszerzyli swoją ofertę w ramach prowadzonej działalności gospodarczej, jednakże zaledwie połowa z nich wdrażała wyniki prac badawczo-rozwojowych, a pozostali ograniczyli się jedynie do zakupu dostępnych na rynku produktów i usług.
Zdaniem NIK nie został także w pełni wykorzystany potencjał sektora badawczo-rozwojowego oraz instytucji otoczenia biznesu. Dla większości projektów realizowanych przez uczelnie wyższe, udzielenie dofinansowania nie było uzależnione od przekazania przedsiębiorcom wyników prowadzonych badań. Nie wprowadzono również obowiązku wykazywania, jako rezultatów dofinansowanych projektów, uzyskanych przez uczelnię patentów lub wdrożeń. Ustalony dla tych projektów wskaźnik rezultatu, nie odzwierciedlał wpływu projektów na otoczenie, a odnosił się jedynie do wysokości środków własnych uczelni zaangażowanych w realizację projektu. Dopuszczono także do swobodnego uznawania przez instytucje otoczenia biznesu rodzajów działań wskazywanych jako wsparcie udzielone przedsiębiorcom. W ocenie NIK podejmowane przez te instytucje działania jedynie w ograniczonym zakresie zapewniały zainteresowanym przedsiębiorcom dostęp do profesjonalnych usług okołobiznesowych, a zaangażowane zasoby, jedynie w niewielkim zakresie przysłużyły się do rozwoju przedsiębiorczości.
W ramach istniejącego systemu kontroli i nadzoru Instytucja Zarządzająca oraz Instytucja Pośrednicząca II stopnia (IP2) weryfikowały zarówno realizację zakresu rzeczowego, jak też wydatkowanie środków podlegających refundacji. Nie wyeliminowało to jednak nieprawidłowości przy realizacji projektów ujawnionych przez NIK, które polegały m.in. na:
- nieoszczędnym wydatkowaniu środków publicznych przez jednego z przedsiębiorców przy realizacji projektu,
- nieprzedłożeniu NIK przez dwóch przedsiębiorców dokumentacji zrealizowanych projektów, jak też brak poinformowania IP2 o miejscu jej przechowywania,
- niepoinformowaniu IP2 o okolicznościach wskazujących na zaistnienie uzasadnionych podstaw do ogłoszenia upadłości lub postawienia w stan likwidacji, pomimo faktycznego zaprzestania prowadzenia działalności gospodarczej przez przedsiębiorcę,
- nieutrzymaniu w okresie trwałości projektu zadeklarowanego wskaźnika rezultatu dotyczącego zatrudnienia pracowników,
- poniesieniu wydatków niekwalifikowalnych na łączną kwotę 279,4 tyś. zł po terminie zakończenia finansowej realizacji projektu,
- zatrudnieniu sześciu pracowników w terminach późniejszych niż określone w zawartych umowach o dofinansowanie.
Główne ustalenia kontroli NIK oraz wyniki badania ankietowego przeprowadzonego wśród przedsiębiorców wskazują na:
- niepełne wykorzystanie potencjału sektora badawczo-rozwojowego oraz kadr naukowych;
- niedostateczny poziom współpracy tego sektora z przedsiębiorstwami;
- ogólną i niewystarczającą ofertę instytucji otoczenia biznesu w zakresie usług szkoleniowych, doradczych i informacyjnych dotyczących możliwości pozyskania środków na działalność innowacyjną i badawczo-rozwojową;
- brak mechanizmów skłaniających przedsiębiorców do prowadzenia i wykorzystywania w większej skali wyników prac badawczo-rozwojowych.
W ocenie innowacyjności państw członkowskich UE sporządzonej z wykorzystaniem metodologii Innovation Union Scoreboard w 2015 r., Polska ujęta została w grupie krajów o umiarkowanej innowacyjności, wyprzedzając jedynie Rumunię, Bułgarię, Łotwę oraz Litwę.
