Najwyższa Izba Kontroli i Europejski Trybunał Obrachunkowy od lat blisko ze sobą współpracują. Obecnie obie instytucje intensywnie współdziałają w ramach równoległej kontroli jakości powietrza w Polsce i Europie.
Polska Najwyższa Izba Kontroli i holenderski Trybunał Obrachunkowy wraz z Europejskim Trybunałem Obrachunkowym i kilkunastoma Najwyższymi Organami Kontroli z Europy oraz Izraela kontrolują wspólnie problem zanieczyszczenia powietrza oraz skuteczności działań podejmowanych na rzecz jego ograniczenia. Ta największa od kilkunastu lat kontrola w Europie, z uwagi na liczbę zaangażowanych instytucji i zakres spraw, które będą analizowane, jest koordynowana wspólnie przez polski i holenderski NOK.
W lutym tego roku Prezes Europejskiego Trybunału Obrachunkowego Klaus-Heiner Lehne wybrał Najwyższą Izbę Kontroli jako cel swojej pierwszej oficjalnej wizyty zagranicznej. Szef ETO przyjechał do NIK razem z Januszem Wojciechowskim, polskim przedstawicielem w ETO. Była to pierwsza oficjalna wizyta prezesa Klausa-Heinera Lehnego w państwie członkowskim UE (Lehne stoi na czele ETO od 1 października 2016 r.). Polska została wyróżniona ze względu na regularną współpracę Trybunału i Najwyższej Izby Kontroli. Relacje obu instytucji, mierząc liczbą wspólnych przedsięwzięć, są szczególnie bliskie.
Wcześniej, w grudniu 2016 roku Janusz Wojciechowski, polski członek ETO, przyjechał do NIK, by przybliżyć najważniejsze ustalenia z opublikowanego przez Trybunał sprawozdania za 2015 rok. Omówił też wówczas wybrane raporty specjalne Trybunału, dotyczące m.in. kolejowego transportu towarowego w UE, pomocy publicznej, transportu śródlądowego i morskiego, infrastruktury portów lotniczych, polityki spójności oraz oszustw związanych z VAT.
W ostatnich latach obie instytucje przeprowadziły wspólnie dwie ważne kontrole. Sprawdzono, jak zwalczane są w Polsce choroby zwierzęce oraz jak funkcjonuje unijny instrument Jaspers. NIK i ETO współpracują także w ramach EUROSAI i INTOSAI. Kontrolerzy NIK asystują także w większości audytów ETO na terenie Polski.
Dzięki pomocy gabinetu polskich członków Trybunału niemal co roku odbywają się w NIK szkolenia dotyczące metodyki kontroli ETO, dzięki którym polskie instytucje mogą lepiej przygotować się do spełnienia unijnych wymagań przy rozliczaniu dopłat i funduszy europejskich.
Współpraca Najwyższej Izby Kontroli z Europejskim Trybunałem Obrachunkowym rozwija się od lat 90. NIK wraz z ETO zainicjowała współdziałanie najwyższych organów kontroli państw kandydujących do UE. Współpraca ETO i NIK dotyka m.in. obszarów usprawnienia kontroli środków unijnych.
Europejski Trybunał Obrachunkowy (ETO) jest niezależną organizacją kontrolującą finanse UE. Sprawdza instytucje unijne, a także państwa członkowskie (te ostatnie w zakresie wykorzystania środków z funduszy pomocowych). Coraz więcej audytów ETO ma charakter kontroli wykonania zadań. Od tradycyjnego audytu finansowego różni go to, że skupia się na weryfikacji skuteczności, wydajności i oszczędności. Kontrola wykonania zadań to w istocie sprawdzenie, czy dana instytucja osiągnęła zamierzone cele, działając przy tym możliwie efektywnie i ekonomicznie.
Europejski Trybunał Obrachunkowy jako niezależny zewnętrzny audytor Unii Europejskiej ma za zadanie sprawdzać, czy fundusze unijne zostały pozyskane i wykorzystane zgodnie z zasadami gospodarności, wydajności i skuteczności. ETO ma siedzibę w Luksemburgu. Obecnie jego prezesem jest Klaus-Heiner Lehne, wybrany na to stanowisko 13 września 2016 roku, urząd objął 1 października 2016 r. W skład Trybunału wchodzi 28 członków, po jednym z każdego państwa członkowskiego, powoływanych na 6-letnią kadencję. Każdy z członków przypisany jest do jednej z pięciu izb Trybunału: cztery izby odpowiadają za kontrole poszczególnych obszarów wydatków unijnych oraz dochodów, zaś piąta odpowiada za koordynację, ocenę, zapewnienie jakości i rozwój. W latach 2004-2010 członkiem ETO był Jacek Uczkiewicz, wiceprezes NIK w latach 1995-2001 i ponownie od listopada 2013 r. do 30 czerwca 2016 r. W latach 2010-2016 członkiem ETO z ramienia Polski był Augustyn Kubik, doradca Prezesa NIK.
Obecnie członkiem ETO z ramienia Polski jest, od maja 2016 r., Janusz Wojciechowski (Prezes NIK w latach 1995-2001).
